朱三太子案，何以官书独无记载。凡此皆足证明，方以智与此类案件无关。

至于牵涉及于三藩之乱，如归罪于谋反大逆，则又分两种情况，一为事发的按问，一为事前的猜防。方以智案虽发于吴三桂举事之前，但吴三桂反形早著，康熙防堵甚严，已如前述，则诬指方以智为吴三桂亲信，潜入安徽等地活动，是很可能发生的事，但事必有因，或者方学诗确曾潜回徽州。行踪曾经广西，而又误传为“方学士”，于是构陷者有意张冠李戴，指“方学士”为方以智，向广西巡抚马雄镇告密，因而移文安徽，逮捕方以智归案待质。

据《方以智晚节考》所录资料及方中通《题结粤难文》、《论交篇》两诗，案发后的情况如此：

一、发难于广西。论交篇《粤西题请讲再三》可证。

二、移文安徽，至桐城方家逮捕方以智，而方以智由幼子中履陪侍在青原。官疑方家藏匿以智，是故“吏卒操兵围宅，铃析达晓”。而“道路汹涌，莫不咋指吐舌。在于人情、宾客、门人、故旧远害引避，固宜其然”（方中履《宗老臣梅先生七十序》）。则有几天的搜索，或者直至方以智被逮，方始撤围，皆可想而知。

三、桐城搜查不获，移文江西逮捕，此涉及三省的因由，情况非常单纯。

四、江西泰和富人萧孟藏方以智于复壁，其后乃由水路赴广西报案。此出于方以智自己的主张，或者他人所劝，则不得而知。但可确言者，方以智愿就复壁，绝非畏罪，而为不甘致礼于异族衣冠之前。惶恐滩自裁，亦为此意。当初披缁，大致亦为避免作清朝装束。

如上所述逮捕情况而言，凡稍知清朝司法制度者，皆可想像得到，方以智涉嫌的罪名虽异常严重，而案情固甚简单。因如案内述及方以智如何从事谋反的活动，则本人未获，家族必定被捕就审，借以侦讯方以智的一切。今观资料所载，方氏家族除中通愿同父生死，自甘投