康熙十年朱国治复起，被任为云南巡抚。惟一的原因，即由于朱国治以汉人而忠于满洲，为政苛峻。如果对吴三桂采取强硬态度，则用他到云南去跟平西王周旋，是最理想的人选。康熙十二年冬，吴三桂举兵，朱国治首先被害，刘健《庭闻录》记：

“三桂召各官赴王府会议。中丞朱公率众往，贼党不候全害之，刃之下乃死，余皆被执。朱中丞……素为贼党切齿，三桂使其子飞骑传谕，不得轻杀，至则中丞已身首殊。”《研堂见闻杂记》谓朱国治被“提出开膛枭示”，则恶之甚，言之亦过甚了。

以上所引叙，皆在证明康熙对吴三挂迟早必叛，已经料定。而防范惟恐不周，亦有事实可稽。表面上几大臣言官有公然奏劾吴三桂者，无不获谴，乃是故为安抚，以待谋定后动。其实，对吴三桂的动态，无时不在注意之中。内地入滇投靠吴三桂，以及吴三桂所遣亲信赴内地活动的情况，皆有密报到京。方以智的被祸，我的假设，即因以讹传讹，误认方以智为吴三桂的亲信，潜入安徽。可能为方光琛之子方学诗曾回徽州活动，而方孝标曾入滇献诗吴三桂，故误方学诗为“方学士”。而方学士与方以智音似，满文奏折中汉人名字皆为音译，更易误会。

假设虽可大胆立论，但假设之能成立，必须经过逻辑的考验。逐次排除其不能者，至最后仅剩者，方能作为假设。今按康熙初年属于“谋反大逆”的案子，不外朱三太子的传闻，及三藩之乱。干连朱三太子的疑案甚多，且每与和尚有关，似与方以智的情况相近。但果为推戴朱三太子以起事复明，则方以智即或被诬，固与名节无损，方中通不必以死力争，一通道理已在前面谈过，无须多说。其次，谋反决非一人之事，干连必众，王夫之论族诛曾申明其义。而方以智一案不闻有他人牵连，孟心史先生《明烈皇殉国后纪》篇云：“东华录自康熙十二年始，屡破获朱三太子干连犯案，多不胜载。”是则方以智如干连