写书札，与各州郡通声气，共同谋划。因讨伐黄巾军张饶战败，而转保朱虚县。

慢慢集结官吏百姓被黄巾所蛊惑的男女四万多人，再设置城邑，设立学校，表显儒术，荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等。对待国人，就算只有一点微小的善行，也都以礼对待。国人没有后代及四方游士有去世的，都帮助安葬他们。因颇有政声，被时人称为“孔北海”。

孔融在北海，自认为智计无双，溢才命世，当时的英雄豪杰都比不上自己。整军经武、修葺甲兵，据北海为根本，不肯像寻常太守一般，碌碌无为。对郑玄礼遇甚恭，称之为郑公而不名，执子孙礼。高谈阔论，言辞典雅，有高屋建瓴之势。

可是一办起事儿来，去什么都做不成，北海郡管理得极其混乱，甚至连赋税都收不上来。不得已迁怒到督邮身上，一天杀了五部督邮。底下的贪官污吏，他也毫无办法，只能任其横行。眼高手低，志大才疏，如孔北海一般，就是大汉清流的典型！