孔家唯有高堂健在，孔氏兄弟七人，这一位不知排行第几，连忙开口相问。小孩儿答道：“小弟名融，排行第六。”“原来是孔文举，文礼向我提过你，说你有异才，今日见君，果然不同凡响！”

后来事情泄漏，自国相以下的人，都秘密的压下此事，张俭得以逃脱，孔褒、孔融则被逮捕入狱。但不知他们二人是谁获罪。孔融说：“收容匿藏张俭的是我，有罪归我。”孔褒说：“张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，我心甘情愿。”

官吏问他们的母亲，母亲说：“年长的人承担家事，罪责在我。”一门都争着赴死，郡县迟疑不能决断，于是向朝廷请示。诏书最后定了孔褒的罪，孔融因而闻名，与平原陶丘洪、陈留边让齐名，州郡以礼策命，都不到。

后来，孔融受司徒杨赐征召，当时暗暗察访官僚中的贪污之人，准备予以贬谪罢免，孔融检举的多为宦官的亲族。尚书害怕得罪宦官，于是召孔融等司徒属官诘问斥责，孔融陈述宦官子弟的罪恶，毫不隐讳。

光和七年，河南尹何进即将升任大将军，杨赐派孔融拿着名片去祝贺何进，因门人未及时通报，孔融就把名片夺回，引罪自责而去。河南尹官属认为丢了面子，想要派剑客追杀孔融，有宾客对何进说：“孔文举有盛名，将军如果与他结怨，四方之士就会相随而去了。不如以礼对待他，使天下人都知道将军的胸怀广大。”

何进同意，于是在受任大将军之后，征辟孔融，举其为高第，迁任侍御史。孔融又因为与上司御史中丞赵舍不和，托病归家。后来，孔融被征为司空掾属，授任北中军候。在职三天，转任虎贲中郎将。

正逢董卓总揽朝政，想要废掉少帝刘辩，孔融与董卓争辩，言辞激辩，常有匡正之言。董卓怀恨在心，将孔融转任议郎，随后又暗示三府举荐孔融，到黄巾军最为猖獗的北海国为相。孔融到北海后召集士民，聚兵讲武，下发檄文，又亲