不过两人会盟后仅四年，年迈的俺答汗就去世了，强盛一时的土默特也开始走向衰弱。但黄教已经开始在蒙古生根发芽。

俺答汗死后六年，三世大赖也圆寂。

黄教集团为了能够在藏区与其它诸教争雄。便宣称俺答汗的曾孙是三世大赖的转世灵童。

藏传佛教黄教派使有了一位蒙古孩子做为大赖的转世灵童，这明显就有猫腻。

已经开始信奉黄教的蒙古人自然高兴，他们组成联军，以武力护送了灵童入藏，震慑那些对黄教不满的势力。此后，俺答汗的孙子便正式坐床拉萨。并成为了四世大赖。

不过在当时，黄教虽然日渐壮大，但最强的并不是黄教。且宗教力量之外，还存在着世俗政权，当时统治**的是藏巴汗家族，而藏巴汗信奉白教的一支噶吗噶举派，仇视黄教，双方的矛盾不断加剧。

后来藏巴汗毒杀了年轻的四世，还禁止大赖转世，最后还是因为黄教的高僧治好了藏巴汗的病，才允许大赖转世。

四世的转世是一名藏区六岁男孩，法名罗桑嘉措，译成汉语就是“善海”。

此后，黄教和藏巴汗都没能消灭对方，黄教在藏区民间基础越发雄厚，而藏巴汗则掌握着上层，并且双方都各有支持自己的武装，因此形成微妙平衡。

但在五年前，在五世的老师罗桑曲结的秘密邀请下，原本放牧于西域的卫拉特和硕特部首领固始汗突然率军攻入了青海。

五世赠给固始汗丹增却杰称号，意为持教法王。

固始汗有意仿效当年俺答汗之举，通过黄教大赖的封赠，加强自己的地位。他率领本部人马，加上巴图尔珲台吉的部份准噶尔军队，进入了青海，击败了盘踞在此的却图汗阿尔斯兰父子。

此后，他又进攻甘孜一带消灭了当地的白利土司，战争持续一年，固始汗占领了白利土司统治的全部地区，今四川