肃顺护送咸丰灵柩刚到密云，就被连夜抓捕，也一同押送至宗人府。三人面面相觑，肃顺瞪圆眼睛怒骂载垣、端华：“如果你们早点听我的，何至有今日！”肃顺此言事出有因，原来他早已定下除去那拉氏之计，可惜没有被载垣、端华采纳。

载垣、端华垂头丧气，他们先是异口同声：“事已至此，还有什么可说的呢。”接着载垣也责怪起了端华：“要不是因为听信了你的话，我怎么会蒙受现在这样的罪名？”

其实在这场宫斗大戏中，哥儿仨谁也不见得比谁高明到哪里去。肃顺要除那拉氏，不过是二人积怨最深罢了，并没有高屋建瓴地谋划全局的意识。要知道他们八大臣得罪的可不光是那拉氏，还有钮祜禄氏呢！问题的关键不在这里，问题的关键是他们太过于轻视对手，倘若他们能够看到恭亲王的作用和能量，提前与之结纳或交好，结局或许完全不同。

1861年11月8日，载垣、端华被赐令自尽，肃顺处斩，杜翰、焦祐瀛等五人发往军台效力。之后政变者又顺藤摸瓜，处理了一批与肃顺关系密切的所谓“肃党”。

因为这一年是辛酉年，所以史书将此次宫廷政变称为“辛酉政变”，政变成功扫清了垂帘听政道路上的一切障碍。11月11日，载淳在北京即位登基。之前他实际上已经称皇帝了，载垣等人还拟了年号，叫作“祺祥”，如今载垣等成了罪人，自然他们拟的年号也就不能用了，遂被改为“同治”。

不久，在同治皇帝的名义下，两宫太后正式实行垂帘听政。原先钮祜禄氏称母后皇太后，那拉氏称圣母皇太后，那拉氏不喜欢这种称号，就与钮祜禄氏商议，分别改为慈安皇太后、慈禧皇太后，自此诏书上便以慈安、慈禧并称。因为慈安的居所在东，慈禧的居所在西，俗称东太后、西太后。

两宫太后各有长处。西太后“优于才”，无论是批阅奏章、裁决政务，还是召见臣下谈话，