六月下旬，江州军王愆期过江北袭历阳，与毛宝南北合攻击溃南来的祖约，是役豫州军大部溃败，祖约北逃。

与此同时，历阳军苏峻与荆州军决战于姑孰，大战三日，斩首塞江！最终，苏峻不敌，率领残部往宣城而逃。

沈哲子用来威胁台臣的石头城叛军反攻终究没有发生，他在大桁南驻扎几天，最主要工作就是收编源源不断从石头城越城来降的宿卫们。时下虽然没有什么即时的通讯技术，但姑孰距离石头城本就不甚远，大江上游不断飘来的尸体、舟船残骸并各种损坏的军械，无一不在表明上游战况之惨烈。

当沈哲子麾下的军力达到五千余人时，困守石头城的苏逸终于不再坚持，集众发生了一场近乎闹剧的反攻，其部众们还没有冲过城外篱墙，已经叫嚷着举手投降。当沈哲子率领麾下精锐部曲冲入石头城时，早已人去城空，苏逸率领着仅剩的人马往南逃去。

接下来，沈哲子便在石头城迎到了荆、江合共五千人的援军，自此，建康城总算得以安稳下来。

随着各路援军到达建康，尽管叛臣苏峻还未被擒获，许多叛部也未剿尽，但人人都知今次的平叛结果已经明朗，不会再有什么变数发生。沉寂已久的都中气氛终于变得活跃起来，大量居于苑城周遭的幸存民众们被迁出。望着饱受战火摧残，早已满目疮痍，面目全非的家园，建康城内从白到晚到处都充斥着让人惨不忍闻的哭号声。

早在援军到达石头城前，沈哲子便逐步放开了对台城的管制，属于他的人马一部分转移到了覆舟山，另一部分则随着他来到石头城。整个台苑只留下谯王一人，率领宿卫一部拱卫皇帝。至于收编的宿卫们，也都交付护军府。

虽然护军府名义上的长官庾怿还待在京口行台，不过台城内仍不乏护军府的高级统帅，沈哲子早先是不讲道理的篡夺了他们的事权。一俟接掌了军权之后，这些人便开始厉兵秣马