重新梳理朝廷官署，于中央，正式罢废三公九卿制，而在后世三省六部制的基础上，建六省十部制。所谓六省，即中书省、门下省、尚书省、枢密省、御史省和秘书省。

中书等三省亦魏、晋以来旧制，但其架构更为谨严，逐渐向隋唐靠拢。其中中书省掌机要、政令，以左右仆射为其长官，下设侍郎、舍人等职；门下省掌诏令之审核与封驳，以左右侍中为其长官，下设侍郎、常侍等职；尚书省掌民事，以左右仆射为其长官，下设六部。

枢密省则是裴该的新创，主掌军事，以枢密使为主官，枢密副使为其佐官，下设四部。

当然啦，这只是理想罢了，就目前的状况，朝廷架构还必须维持半拉军政府的形态。在裴该这个强力的开国君主治下，中书唯承旨而已，门下也主要对下而不敢对上，尚书、枢密才是最为权重的要害部门。

乃以王卓、裴诜掌中书，华恒、祖纳掌门下，裴嶷、殷峤掌尚书，陶侃、郭默掌枢密。

此四省最贵，其长官，包括仆射、侍中及枢密使，共七人，皆列正三品，并为宰相，于禁中设国事堂，每日会商理政。至于国事会议的主席，则由七人轮值担任，一轮恰好七日，合“日、月、火、水、木、金、土”七曜之数，是故后世即以七日为一“星期”也……

御史省即旧御史府，掌监察，督责百官——主要对内，其原本长安行台从事中郎所负责的对外情报工作，则分拆后移交给了尚书省之礼部，以及枢密省之枢部——以御史大夫为其主官，正四品，御史中丞为其佐官，下设侍御史、殿中侍御史、监察御史、按察御史等职。首任御史大夫为荀闿，御史中丞为熊远。

秘书省负责天子的文书工作，以秘书卿为其主官，正五品，秘书监为其佐官，下设舍人、令史等职。首任秘书卿自然是郭璞，秘书监为胡飞。

其尚书六部分别为：礼部，掌祭祀及藩属