第三步，也是最大的挑战，清理城内的百姓，所有参加清理行动的五万名士兵都至少服用了十天的去炎散，有很好的预防能力，他们清一色的戴上皮盔、口罩和手套，穿着白色短衣，只带一柄战刀防身。
先是近五十万尚未感染的百姓从城内出来，前往南面的空地上进行甄别，待百姓走完，四万名宋军士兵用推车推着生石灰、火油分别从四个城门入城了。