这一年里，他还出版了一本最有争议的论著：《性学三论》。里面新奇而又耸人听闻的地方，这是他对幼儿性作用的全面描述，他把成人性变态解释成是幼儿性作用的畸形产物。这是弗洛伊德第一本的引人注目的书。他不但引人注目，而且还给人们极大的愤慨，遭到了强烈的谴责和嘲笑。弗洛伊德在各国科学界顿时成了一个最不受欢迎的人，在以后的很多年里，他遇到了只有最伟大的先驱者才会遭受的种种辱骂和攻击。但是，无论那些批评有多么刻毒，他从来不予回答。他唯一发表的为自己观点辩护的著作，是《精神分析运动史》（一九〇六年），这本书主要是区分他的理论和阿德勒、荣格等提出的对立理论之间的基本差别。对于其他问题，他的回答就像查尔斯?达尔文一样：继续发表新的证据。

一九〇六年，著名的历史精神分析学家欧根?布洛伊勒和卡尔?荣格，以及他们的一些学生宣布，他们赞同弗洛伊德的方法结论。除了英国医生欧内斯特?琼斯以外，他们是第一批支持弗洛伊德的非维也纳人。一九〇八年四月，荣格组织了第一届国际精神分析学大会，会议地点在萨尔茨堡。两年以后，国际精神分析协会正式成立。半个世纪以来，这个组织已有30多个分会分布在世界许多国家。当时，出席第一届代表大会的有四十二名代表，其中包括卡尔?亚伯拉罕，布洛伊德，弗洛伊德的匈牙利同事桑多?费伦茨，荣格和欧内斯特?琼斯本人。委员会的职责是在事务管理问题上向弗洛伊德提出建议并提供帮助，同时也在他和外界攻击他的人之间形成一道屏障。

早在一八八五年弗洛伊德就在维也纳大学当过临时聘任讲师，这样他能在那里开设一些非正式的讲座。一九二年他被特聘为教授，一九二〇年时他当上了正式教授，然而他在教授会议上却没有席位，也没有别的什么特权。弗洛伊德在维也纳大学从来没有担任过任何正式的教职。

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