小刀会放弃嘉定县进入苏州府，这可吓坏了苏州知府孙红岩，他急忙调集苏州府各地兵马和团练，总计两万余人防御苏州。

小刀会本想夺取苏州威根基，怎奈李卫国不会允许，李家军紧随其后进入苏州，迫使小刀会放弃进攻苏州的打算，绕道常州。

而李卫国则借口追剿小刀会残余，一路挥军进入苏州府，以苏松太兵备道员名义对苏州府各县实施战时军事管制，收编各地军队，将整个苏松太纳入自己的地盘。

对此，苏州知府孙红岩也是无法反对，他知道凭自己的力量无法挡住小刀会，若是丢了城池那他的仕途也就完了，说不定性命难保，因此对于李卫国的行为，孙红岩最终选择了默许。

李家军占据了苏州府后，便在吴县停了下来，美其名曰就地休整等待补给，实际上李卫国是不想追小刀会追的太紧逼对方狗急跳墙给李家军造成不必要的伤亡，反正苏松太三地已经被李卫国掌控，短时间内需要时间消化，手伸得太长反而适得其反，反正常州府已经不归李卫国管，就算被小刀会占据也跟李卫国没关系了。

刘丽川率领小刀会一路狼狈逃窜，眼见李卫国驻兵吴县不动了，他也松口气，迅速出兵常州府阳湖县，也学着太平军裹挟难民壮大实力，因为担心李家军的追击，所以只停留了几日便迅速撤离，进入镇江府，转道江宁府，准备跟太平军会师金陵。

李卫国没有追击，命李家军在苏州府休整，一方面的确等待行香港送来的军火物资补给，另一方面李家军最近扩充速度太快，兵力从一万四猛增到三万人，火器严重缺乏，人员训练不足，也不适合进行作战。

因此，李卫国就在苏州府治所吴县训练军队。

好在苏州府极为繁华，是大清国的赋税重地，李卫国一来，立即控制了苏州府库和税收，总计六百万两银子停止上缴国库，挪用给李家军作为征讨小刀会和太平军的