千之多，李勣愤然下了屠城令，将建安城中六万百姓尽皆坑杀，此举一出，高句丽举国振动，望风而降者固然有之，可誓死抗争之心愈坚者却是更多，很快，李勣与程名振所部便在凤城再次遭到了高句丽军的殊死抵抗，连攻数日而不克。

三月十五日，走东道进击高句丽的薛万彻率并州军两万五千余进抵重镇玄菟城(今之新宾城)，高句丽守将孙文泉惧，不敢出战，率七千余军据城死守，薛万彻下令强攻，日夜不停地连攻了四天，损兵近五千，终于摧毁了高句丽人的抵抗决心，城破，孙文泉率残部四千余投降，薛万彻允之，在玄菟城中休整了五日之后，留部分兵力把守玄菟城，自率一万七千精锐再度向前挺进，兵锋直指高句丽故都丸都城，所过之处，高句丽诸多小城、军寨皆望风而逃，薛万彻所部进展极快，再有一日行程便可进抵丸都城下，可就在此时，屡攻凤城不下的李勣发出命令，召薛万彻所部南下，包抄凤城之后路，薛万彻明确表示反对，理由是大军骤然南下，有着被丸都城之敌袭扰后路之危，更有令所占据之诸多城池再度被高句丽收复之危险。

五月初三，薛万彻所部进抵丸都城下，准备展开新一轮的攻城之战，而此时，李勣的将令再至，还是急调薛万彻所部南下，言称凤城乃是战略要地，拿下此处后，鸭绿江西岸之敌将再无立足之基础，诸如丸都等诸城皆可容后再一一横扫，薛万彻置之不理，回信称拿下丸都之后，大军再南下方可无后顾之忧，旋即，不理李勣之强令，挥军狂攻丸都城，激战连日，兀自未能突破城防，战事暂时陷入了僵局。

凤城久攻不下，而薛万彻又不听调遣，李勣大怒，上本弹劾薛万彻擅作主张，又言其牢骚满腹，屡多怨上之怪论，与此同时，薛万彻也上了本章，弹劾李勣不顾将士苦困，瞎指挥，是为庸才，有趣的是双方的本章几乎是前后脚送到了朝中，太宗阅之，大为恼火，急召诸般宰辅进宫议事。