幕府时期一般以北朝为正统，并承认两朝并立，如《本朝通鉴》。但在德川家康的孙子德川光国编纂的《大菊国史》中，却是主张南朝正统论，为南朝天皇立本纪，而把北朝五天皇降入列传，编写《大菊国史》纪传时，不顾北朝是当时天皇的祖先，视其为闰统。只为南北朝合一时的北朝的后小松天皇立本纪，并将此前的北朝五主附入后小松天皇纪之首。其理由是以象征天皇权威的三神器在南朝手中，故南朝应为正统。

到明治维新以后，官方态度倾向两朝并立论，但正统之争愈加激烈，终于迫使明治天皇作出了否定自己祖宗的裁决。

南北朝统一时，南朝让步的条件是恢复皇位的“两统交替”，但北朝之后并没有履约。

1910年“大逆事件”后，这件是被旧事重提，并在社会上和国会内引起轩然大波，当时的内阁首相桂太郎穷于应付，以致元老山县有朋不得不决定由天皇裁决。

明治天皇迫于形式不得不宣布南朝为正统，北朝历代天皇不列入天皇代数，但天皇地位不变。而拥立北朝的足利尊氏成为了乱臣贼子。国定教科书《菊国历史》中开始把南朝作为正统，把南北朝时期称为“吉野朝时代”。

在明治天皇亲自裁决以后，南朝正统论一时成为主流。可明治天皇不会想到，这个裁决却差点让他的孙子朝鹤天皇被剥夺皇位。

二战结束以后，摩国占领军最高司令官麦克阿瑟就弄出了一个自称“南朝后裔”名叫熊泽宽道的“正统天皇”来，熊泽宽道在麦克阿瑟的支持下向朝鹤天皇要求让位。一时间弄得舆论大哗。

只不过麦克阿瑟当时的目的仅仅只是利用南朝正统给朝鹤天皇施加压力，迫使他彻底俯首帖耳，并无意改朝换代，朝鹤天皇才勉强保住了皇位，直到今天。

“朝鹤不过是伪天子，他发动侵略战争，篡夺正统的皇位，这都是北朝的残暴本性所致！”熊泽贺太郎说