蔡邕虽然不怕死，但他当时正在撰写《后汉书》，不想半途而废。所以就递上辞表道歉，请求受到刻额染墨、截断双脚的刑罚，以求继续完成汉史。

却不想，王允断然拒绝了蔡邕的请求。

太尉马日磾对王允说：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素著，而所坐无名，诛之无乃失人望乎？”

王允答道：“昔武帝不杀司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，神器不固，不可令佞臣执笔在幼主左右。既无益圣德，复使吾党蒙其讪议。”

马日磾退去，而告知众人曰：王允必不能长久于世。有道德的人，是国家的纲纪；写书，是国家的典籍。废弃了纲纪与典籍，他难道还能长久吗？”

依照蔡邕的所作所为，完全符合汉代士大夫的道德观念。董卓虽然令人厌恶，却对蔡邕有着知遇之恩。

若是董卓身死，蔡邕拍手称快，那才会让人瞧不起。

一代大儒，就这样死在狱中。他死的那日，满朝公卿，以及长安士子，全都痛哭流涕，为蔡邕鸣不平。

王允见状，感受到了巨大的压力，追悔莫及。

除此之外，王允在商议是否赦免董卓部曲的问题上，反复无常。

当时吕布就劝他说；“此辈无罪，从其主耳。今若名为恶逆而特赦之，适足使其自疑，非所以安之之道也。”

吕布又想以董卓的财物，赏赐给满朝公卿、将校，好得到他们的支持。但是王允，却是不从。

而且，王允认为吕布是一介武夫，心里非常瞧不起他。常把吕布，当成家中蓄养的剑客。

吕布却认为，这次能够诛杀董卓，他占据了首功，所以常常自夸自擂。王允与吕布之间有了矛盾，自然开始貌合神离。

四月，是个多事之秋。

在王允诛杀董卓的时候，公孙瓒