军进行了改革。

此时，中国海军已经拥有两艘全钢制战列舰，三艘甲铁战列舰，六艘重型装甲巡洋舰，六艘轻型装甲巡洋舰，六艘防护巡洋舰，四十艘驱猎舰，五十艘炮舰，八十艘炮艇，三十艘鱼雷艇，十四艘潜艇。总吨位二十多万吨，位居世界第五，仅次于英法美俄四国。

总参谋部制定了海军发展规划，由海军部负责执行。邓世昌升任总参谋部海军参谋长，刘步蟾升任海军部部长，林泰曾升任海军军令部部长。

考虑到中国海军的海防任务，以及海军中新旧战舰的使用方式问题，海军部将中国海军划分为中国海军第一舰队和第二舰队，第一舰队又称太平洋舰队，主御敌于国门之外。第二舰队又称本土舰队，主本土海岸防卫作战。

中国海军第一舰队全为新式战舰，包括两艘战列舰登云号和踏云号，六艘重型装甲巡洋舰猎人号、虓勇号、胆勇号、斗勇号、刚勇号、奋勇号，六艘轻型装甲巡洋舰海圻、海容、海筹、海琛、海汐、海鳞，其中海鳞号是穹甲防护，但也被列入装甲巡洋舰行列里。六支驱猎舰队，每支驱猎舰队六艘驱猎舰，六艘驱猎舰中三艘为雷击驱猎舰，三艘为炮击驱猎舰。第一舰队旗舰为登云号，舰队司令为林建章中将，舰队参谋长为杜锡圭中将。

第二舰队主要使用老式战舰，包括“定远”、“威远”、“镇远”三艘铁甲舰，“济远”、“经远”、“来远”、“致远”、“靖远”、“平远”六艘巡洋舰，以及飞霆、飞鹰等八艘驱逐舰，三十艘鱼雷艇，十四艘潜艇。第二舰队旗舰威远号，舰队司令李鼎新中将，舰队参谋长叶祖贵中将。

对舰队作战、防御的分工改革完成后，驻地也有所调整。第一舰队作为太平洋舰队，负责御敌于国门之外，因此第一舰队的基地设置在琉球群岛的白滩海军基地，关岛阿普拉海军基地，以及远在加勒比海的波多黎各岛上的圣胡安海军基地。