山等上船查验属实，船主亦无可置辩，由于罪证确凿，日轮船主承认违法罪行，服从惩处。于是弁员将船货暂时扣留，一齐带回黄埔，以凭照章充公；并且撤去船所挂的日本国旗。

本来事情至此，应该算是结束了。但日本政府却和葡萄牙殖民者及英人赫德进行干预，串通一气，抵赖、反扑。

十六日，日本驻华公使林权助向清外务部发出抗议照会，硬说“二辰丸”拥有运载军火进入澳门的准单（因此不是走私船）；该船并未在中国领海卸货（该地属澳葡领海）。反诬清政府越境截捕商船，“显示违约，举动野蛮”，要求清政府“速放该船，交还国旗，严罚所有非法之官员，并陈谢此案办理不善之意，以儆效尤”。

葡公使柏德罗也于十七日照会清廷外交部，指该船被拿，有违葡国所领沿海权，并有碍葡国主权。

最初，中国主张“二辰丸案”由中日双方按照海关章程进行审理，但日方断然拒绝。其后，清廷外务部又通知日本公使，拟请英国舰队司令对此案进行“公断”，也遭到日方的拒绝。

面对日本和葡国的外交压力，清廷一再让步。

二十一日，清外务部照会日本公使，对“二辰丸”上日本国旗被中国士兵扯下一事表示歉意，并答应“将办事失当之员弁加以惩戒”。但是，日方仍不肯罢休。二十三日，日本公使林权助又向外务部提出解决该案的五项要求：一、立即放回二辰丸；二、在放还二辰丸时，中国兵舰鸣炮示歉；三、扣留的军火由中国购买，货价为两万四千日元；四、处置对扣留二辰丸负有责任的官员；五、赔偿此事件所造成的损失。林权助声称，只有全部答应这5项要求，二辰丸案才能和平了结。

终于，清廷于二十六日表示全部接受日方提出的无理条款。(未完待续。)