西南的战事全权交给马士英,包括云南、四川、贵州、湖广、广西、广东六省的军政大事都交给马士英,而他则才好集精力准备对付满清还有朝廷内部的暗流汹涌。
锦衣卫都指挥同知李若琏被朱由检派做了全权负责西南战事的情报事务,由他向马士英负责,分担锦衣卫都指挥使吴孟明的压力。
而吴孟明也只负责针对满清与南方郑氏的情报事务,东厂则继续负责纠察国内的不安定因素。