朱由检决定首先调王祥、李占春、袁韬等四川明军将领驻守大理、楚雄、姚安等府，让其防守云南西陲，同时则以杨展为云南总兵官统辖曲靖、云南、广西、广南等云南州府以及贵州的军务。
与此同时，朱由检则决定任命高杰为贵州总兵官，带领近卫军第五军阻止张献忠东进。
同时任命樊一蘅为两广总督，调运广东、广西粮草驰援云贵。
而王应熊则调回京城担任南京兵部尚书兼大元帅府枢密副使参赞军务。