崇祥六年秋，董祖诰入京师，晋建极殿大学士，加少师，其后，崇祥帝又陆续调与其亲厚的蒲元皓、韩元敬等人入京，形成政治派系，对以温子荣为首的东林党形成制衡。

同年，董祖诰说动崇祥帝，减轻税赋，并查抄以前首辅周景崇为核心、曾在清算魏忠贤过程中中饱私囊、吃得肠肥肚圆等官员家业，获得银钱数百万两，并有京师肥皂、香露生意份额，大大充实国库；同时，提拔孙定宗、卢肃之、祖干祐等有能力将领。

如是两年过去，大夏军队对农民军取得了节节胜利，这让以董祖诰为首的派系更进一步获得崇祥帝信任，也让以温子荣为首的东林党大为忌恨。

——本来，温子荣斗倒前首辅周景崇，却让董祖诰派系填补了空缺，并查抄了周景崇等人家业，摘了果子，后又有人事冲突，再加上董祖诰做出实绩，愈发得崇祥帝信任，大有越过以温子荣为首的东林党之势，这让双方矛盾愈发不可调和。

崇祥九年春，就在剿贼进入尾声、敌酋仅剩十八骑仓惶遁逃之时，辽东女真破关，逼近京师，崇祥帝慌乱之下，下旨急召正在剿贼的孙定宗、卢肃之入京。

董祖诰以‘京师城高粮足，当对贼匪除恶务尽’为由，劝说崇祥帝收回成命，崇祥帝刚愎自用，不听，并由此对董祖诰生出嫌隙，其后，孙定宗、卢肃之入京，却又在温子荣等人谗言下，崇祥帝避之不见。

面对逼近的辽东女真，崇祥帝有意秘密和谈，为防止温子荣等人在和谈中卖国，董祖诰派系中蒲元皓抢下和谈主导权，这个时候，以温子荣为首东林党暗暗放出和谈风声，朝野群情激愤，一片反对，崇祥帝为推脱罪责，匆忙将时任兵部尚书蒲元皓推出背锅，赐死。

后续，以温子荣为首东林党趁机发难，董祖诰政治派系大败亏输，董祖诰自身亦是受到牵连，贬谪鲁地。

只能说，东林党治国能力不如何，党争手