几的努尔哈赤来说，阿巴亥至少是可爱的。两年后，13岁的阿巴亥就被努尔哈赤册为大福晋。作为一个既无资历又无子女的少女来说，这份殊荣除了努尔哈赤对于和乌拉关系的考量，更多的还是由于对她的宠信。

万历三十三年(1605)七月十五日，阿巴亥为努尔哈赤生下了第十二子阿济格，万历四十年(1612)十月二十五日，阿巴亥生下了第二十四子多尔衮，万历四十二年(1614)二月二十四日，阿巴亥又生下了第二十五子多铎。在这个阶段，布占泰终于为了叶赫老女东哥和努尔哈赤作反了脸，拿箭射了自己正怀着孕的媳妇(和硕公主爱新觉罗·穆库什)，于是努尔哈赤灭了乌拉部，但阿巴亥绕机变不是虚名，她的机敏让她始终稳坐大福晋的宝座，她所生的三个儿子，努尔哈赤将八旗军队中的三旗交给他们分别掌管。

后金有收继婚习俗，故努尔哈赤考虑在身后由大贝勒即二子代善继娶阿巴亥的打算。代善也知道父亲的这一想法，而阿巴亥也希望在努尔哈赤故去后在后金政权中寻找靠山。而后，随着努尔哈赤小福晋德因泽的告发，在天命五年引发大妃事件：

努尔哈赤认为家丑外扬也有失体统，并未予追究。阿巴亥与代善相好，无非是想依靠大阿哥在家族中的政治地位，给三个小儿子铺开以后的生路。与此同时，她也留有一线，告发说大福晋送食物给代善和四贝勒皇太极吃，皇太极心机深沉，他接受而未食但代善接受而食之;

小福晋德因泽又告发说大福晋经常深夜出宫到代善家去;还告发说举行聚会时，大福晋精心打扮和代善眉来眼去。

努尔哈赤派人调查属实，但由于家丑不可外扬，即以私藏金银的罪名而将阿巴亥“离弃”。后世有人认为，德因泽告发是受到皇太极的指使，以达到排挤代善，打击乌喇那拉氏的目的。

总之，阿巴亥带着儿子过了一年多被休弃的日子，住在小木屋