孔有德十分恼怒，命令士兵挖地道入城，朱万年把大缸埋在地下，让盲人听声辨位，灌沸油、熬松香和石灰毙敌兵于坑道内。叛兵见莱州防守坚固，从登州将红夷大炮运来攻城。城墙被轰破后又立即修复，战况极为惨烈。朱万年整天忙于防务，甚至亲自持兵器上阵。有生员在街上遇见朱万年，只见他“穿缎圆领，汗背成黑色。右袖因书写抚物，遂短一块。帽纱与竹胎离而不合”，面容憔悴，便说看老师面目，恐将致病。朱回答说：“吾若自爱，汝辈死矣”，流泪上轿而去。

从二月守到七月，叛军久攻不下。其间大小百余战，守城军民历尽艰险，虽然府城无虞，但巡抚徐从治不幸中炮伤重而亡，而且“城中食尽，屠牛马鸡狗及麸糠以饵捍圉者，又竭，至啖井泥。盐绝，人黄无力，倚陴如睡”。

率领援军的兵部右侍郎刘宇烈又一直逡巡不前，朝廷和他都主张招抚叛军，孔有德亦假称愿意投诚。刘宇烈多次派人为叛军求抚，并指责朱万年等不该出击以激怒叛军。七月四日，推官屈宜阳入莱州城，持刘宇烈檄正式宣布招安，让莱州官员出城受降。朱万年对下属和百姓说：“叛兵残破郡邑，杀戮朝廷命吏，自知罪在不赦，必无降理；且未经大创，其志甚骄。往则徒损乎国威耳！然知府食禄为王臣，此身固不敢惜也”。

七月初七日，朱万年和登莱巡抚谢琏出城受降，叮嘱将领杨御蕃留下守城，切莫跟随。临出城，有秀才张生咬住朱万年衣襟不让走，“公疾走扯落其齿，不顾而去”。于是出现了本文开头所说的那壮烈的一幕，践行了朱万年生前所说：

“生作奇男子，死为烈丈夫，吾辈不当如是耶！”

朝廷闻听消息，大为震惊，将刘宇烈下狱，新任山东巡抚朱大典奉命督总兵官金国奇等率兵数万平定叛乱，解了莱州之围。清军入关时，孔有德降清，成了清军的急先锋。在桂林杀害瞿式耜和张同敞即是此人。嗣后，被李定国围