这三位满清总督发表联名通电，讨伐叛逆任超。但是这也只不过是失败前最后的叫嚣罢了。

在陕西牛凯旋率领大军，一路势如破足，仅用了三天时间便兵临西安城下。不到半天时间便攻破了西安城。陕甘总督升允化妆潜逃，侥幸逃过一劫。逃出西安之后连夜逃往了兰州，但是虎贲军两万大军随即追到了兰州，于10月中旬攻占兰州，允化畏罪自杀。截止到11月中旬，虎贲各部成功控制了陕西，甘肃，新疆三省。

在南线，虎贲军的进展也是相当顺利。10月19日便成功攻占了贵阳，11月8日成功攻占昆明，崧藩逃往越南。但是越南的法国殖民当局根本不敢收留崧藩，经过一番交涉之后。于12月初法国殖民当局乖乖的将崧藩交给了虎贲军。

叛乱发生之后，任超随即命令长江舰队封锁了长江航道，随后护送东海舰队海军陆战队七千余人扬长江西进。两江总督刘坤一和湖广总督张之洞情知无力对抗虎贲军，根本不敢加以阻拦。11月中旬。海军陆战队成功攻占重庆，随即向成都进军，于此同时攻占云南和贵州的虎贲军各出兵一部夹击四川。12月初，虎贲军成功攻占成都，四川总督恭寿被俘。至此西北西南各省叛乱基本被平定了。

1899年元旦，任超以陆军部的名义发布命令，整编全**队。此举遭到了李鸿章等人的强烈反对，但是任超以宪法规定，陆军部有权指挥全**队为由，予以反驳，坚持对全**队进行整编，强制收回各地督抚对个地方军队的指挥权。

此时各地督抚之中，只剩下了两江总督刘坤一和湖广总督张之洞。其中两江总督本来下辖三个省，分别为安徽，江苏，江西。而之前虎贲军早已经控制了安徽省，随后在接管南洋水师之后，组建了东海舰队和长江舰队两支舰队。这两支舰队下辖有海军陆战队一个师又一个旅，共计两万余人，全部驻守在南京和上海附近的沿海沿江地区，也就是说江苏