潘因此怀恨在心，回家后等待时机，后张献忠终于杀到附近，潘独鳌主动前去见张献忠。表示愿意归顺，并对张献忠说应城官多财厚，可供军饷，引着张献忠的大军攻破应城。城破之后，潘独鳌将当初告他的那些官员乡绅，凡有仇之家，无不杀尽。

潘独鳌引张献忠军入应城，屠城八日，杀死了三万七千余人，应城县付之一烬。焚毁一空。

潘入张献忠帐下后，曾劝张献忠当取巴蜀为上策，据江南为中策，继续流窜扰乱中原为下策，向张献忠提议打进四川割据一地，建立政权。

后来张献忠决定先取江南，他对潘曾说过，有你助我，这是天赐，并从此以潘独鳌为他的军师。并将他诸义子中最看中的四个义子张可望等四人独成一营，交给潘独鳌训练。

潘独鳌在张献忠营中极得重用，他还替张献忠研究三眼铳，连弩箭以及方阵战术等。亲自传授给张献忠军中的那些将领子弟们。

潘独鳌的话张献忠还是很听从的，当初谷城投降官军，后来谷城再反，以及房县伏击左良玉等，都是出自潘独鳌之策。

“军师所言甚是，不过狗官兵以为我等这般好诱骗？他既然放饵。那我们就先把他的饵吃掉。”

“来人啊，传我的命令，左营一条龙、前营二只虎，各率本部给我击溃拦路官军。破敌之后，不得追敌！”

下达命令后，张献忠又叫来张可望、张定国、张文秀、张能奇四义子，“你们随军师率本部在后护卫老营。”

由于流窜作战而无根据之地，因此张献忠和其它很多流匪军一样，走到哪就把家眷老小带到哪。他们把家眷独编一营为老营，平时跟随战营行动，但却又严格分开来，行军战斗之时，哪怕老营就就身边，可战营的士兵也不许去老营看家人，违者即斩。

相隔不远的明军阵前，鲁元孙、鲁元让兄弟俩各本营兵马，摆阵待敌。