北平府九门被夺，城中燕王府一卫兵马迅速占领了北平布政使司衙门和都指挥使司衙门，并接管了城门防卫，正阳门城楼上，代表大明所属城池的天子团龙旗被撤下，换上了黑色的燕军朱棣的王旗。

倾盆大雨中，一切进行得有条不紊，仿佛演练了许多次一样，半个时辰之内，所有朝廷派驻北平的衙门皆被燕军占领，朝廷委派的官吏，包括布政使司的推官甚至衙门，各漕道，盐道衙门的官吏，皆被捉拿下狱，从燕王者许以高官，不从者狱中诛杀。

北平城即曰起开始实行宵禁，任何官员百姓酉时二刻起不得外出犯夜，违者枭首，北平百姓惊慌失措，噤若寒蝉，巨大的恐慌情绪弥漫北平城。所有人都明白，燕王终于反了，大明要变天了。

三月初十，诛杀张昺，谢贵的第二天，朱棣于城中广发安民告示，温言抚慰城中百姓不必慌乱，此为朝廷与藩王政见之争，不会波及民间，请北平的百姓军民各安其所，各艹其业。

萧凡秘密安插在北平城中的锦衣卫联络处在朱能夺九门时便已知晓了这个惊天的大事件，锦衣卫的联络居所内，数只信鸽扑扇着翅膀冲天而起，往南方飞去。

三月十二，花了三天时间，朱棣调集了燕军十余万将士，留下两万守山海关，以防北方鞑子，余者十三万大军集结于北平城外，朱棣一声令下，燕军兵锋直指居庸关。

十余万燕军开拔的同时，朱棣的起兵檄文通过各种途径传扬天下各州各府。

檄文里将建文皇帝说成昏庸之君，年轻幼稚不懂事，只知宠信身边歼臣如萧凡，茹瑺，齐泰之流，这帮歼臣欺君罔上，祸乱朝纲，离间天家骨肉，残害朝中忠良，致使天下动荡不安，朝堂乌烟瘴气，所以燕王决定以兵谏上，请求天子诛杀歼臣，任用贤能，勿使荒银云云……檄文中，朱棣再三强调自己并非谋反，而是为了清君之侧，只要天子愿意诛杀歼臣，他朱棣立马罢兵，