衡来，只能算是个后背，所以前辈一发话，工程就不得不停下来。潘季驯当然不服，他也不是个怕事儿的，便在朝堂上和朱衡据理力争，两人各执一词，说得都有理，让徐阶委实难以决断。

僵持一段时间后，还是高拱说话了，组个专家团，去现场看看呗。于是这年二月，命工科给事中何起鸣，率二十余名河道专家往勘河工，并据实奏报朝廷。三月三十日，何起鸣自沛县回京奏报：‘黄河故道难复，开新河费省，且可杜绝后患，宜用朱衡开新河之议。同时兼采潘季驯之言，不舍弃旧河。’倒也给潘季驯留了面子。

这就算是给出结论了，于是内阁票拟，司礼监批红，下诏开新河！而潘季驯则仍然坚持修复黄河故道，廷臣亦多以为然。自此朱衡与潘季驯产生矛盾，后者断言：‘雨季一到，黄河决口。’为朱衡恨之。

六月十四日，新河工未成，而黄河再次在沛县决堤泛滥，连淹了好几个府，灾民无数。果然应验了潘季驯所言。言官纷纷疏劾朱衡，以为新河必不可成，朱衡意气误国！要求给予处分！

迫于压力，朱衡也自请辞职。徐阶是很器重这位能员的，当然不会答应，利用自己影响力，帮他压住了言官的议论。并给他将功补过的机会，任朱衡与潘季驯再作勘查，务图上策，以救灾民。

两人到任后，全力指挥把决口堵塞，暂时止住了洪水，但雨季才刚到，真正的考验还在后头呢。在经过勘查后，潘季驯大胆提议，把河道收窄！这真是让人匪夷所思，治河的常识，都是扩宽河道才有利于排水，哪有嫌河道宽的？这不是老寿星吃砒霜，活得不耐烦了吗？

朱衡不同意，潘季驯便对他说，自己通过观察发现——黄河之所以连年泛滥，是因为水中泥沙含量太大，进入平原地区后，水流放缓，泥沙沉积下来，结果河道逐年升高，变成了岸上河。为了防洪，只能把河堤也越修越高，稍有不慎一旦决堤，后果就会极其