遣流官前去治理。改土归流思想在明朝时期就已经存在了，不过当时实行得比较少。

到了雍正的时候，土司制的弊端积累到一定程度，土司们对属民的加派问题日益严重。事实上，属民完全沦落为土司的奴隶，土司杀死属民好比杀一条狗，土司抢夺属民的子女根本不会受到任何追究。很多土司私定刑罚，私设刑堂，以致属民很长时间只知道有土法而不知道有国法。

土司与土司之间经常为了掠夺土地和人畜发生战争，一旦发生战争，有些土司的势力就会得到恶性膨胀。在明代，土司甚至对中央政权发动过进攻，清朝虽然没有这样的事，但是土司抢劫的事情经常发生，中间有大量的汉人被屠杀。有的土司统辖数百里地，拥兵数万甚至数十万，对中央政权构成了严重的威胁，如湖广永顺保靖土司彭氏、云南丽江土司木氏、贵州水西土司安氏等等，他们拥有大量的地盘和军队，甚至有自己的官吏、法庭和监狱。

这些土司们俨然独霸一方的土皇帝，妨碍了一个国家的统一，也不利于各地的经济文化交流。

雍正是中国专制独裁的集大成者，他不能允许大清的版图上还有其他土皇帝。

土司的罪恶由来已久，不光清廷想整治土司，属民们也强烈地渴望摆脱土司的控制。有的村子里全村的人都要求离开土司，申请归地方政府管辖。

到了康熙雍正的时候，清政府里有许多有识之士要求对土司制进行改革，云南提督蔡毓荣说：“土司时代承袭，既不是通过选举，也不是通过中央任命，很容易做出违法乱纪的事情来。”有人甚至提出，土司制度是天地间的缺陷，如果任其发展，则会养虎为患。

雍正二年，幕客蓝鼎元还提出削弱土司的具体办法：根据土司所犯的罪行轻重，削夺土司的村落，缩小土司的管辖范围；罪行严重的，则直接剥夺其土司的头衔，将其统辖的地方和属民交给州县管理；若是不方