雍正元年十月，罗卜藏丹津大军对西宁府周围的南川申中堡、西川镇海堡和北川新城发动了大规模的进攻。年羹尧在奏折中向雍正反映：“叛军包围南川、西川、北川，每处都聚集着贼众两三千人，贼众攻城放火，无所不为。”

警报传到京城，雍正决心用武力平叛，尽管这时国内局势不是很稳定。此时，雍正最能仰赖的就是年羹尧了，他任命年羹尧为抚远大将军，延信为平逆将军，岳钟琪为奋威将军。雍正谕令边防的大臣、总督、巡抚等等全部听从年羹尧的调遣。这时，雍正和年羹尧正处于蜜月期，两人关系非常好，难怪有人怀疑雍正是年羹尧的儿子。

年羹尧接受命令后，立即率军从甘肃来到西宁。随后，年羹尧对战争作出了周密的部署，派兵驻守在永昌和布隆吉河一带，防止叛军作乱；又分兵守在巴塘、理塘、黄胜关等地方，截断敌军的进藏通道。年羹尧还请示雍正让靖逆将军富宁安屯兵吐鲁番，隔断叛军与准噶尔部落的联系。

布置妥当之后，年羹尧下令进攻西宁周边的叛军，一一将罗卜藏丹津的党羽击溃。罗卜藏丹津看到部众这么不堪一击，不由得发了慌，主动送还清廷的使者常寿，向雍正请罪，希望清廷能罢兵言和。

年羹尧虽然有调度权，但这事不好自作主张，便请示雍正。雍正坚定地说，不可以求和，用武力消灭叛徒。

雍正作战态度坚决，十二月，许多蒙古的部落纷纷投降清朝，总计有十万余众。雍正二年正月，岳钟琪先后平定了作乱的喇嘛，在攻打郭隆寺时最为激烈。郭隆寺的喇嘛素来和罗卜藏丹津关系不错，抵抗得非常顽强。岳钟琪是一个能征善战的将领，在他的指挥下，斩了几千个喇嘛的首级，其余的喇嘛纷纷逃到山洞里。最后，岳钟琪用火堵在山洞口，把他们活活熏死了。清军以三千的兵力击败上万喇嘛军队，属于以少胜多，连年羹尧都夸奖岳钟琪厉害。

二年