连客氏都狠心赐死了，自然不愿意就这么轻易的揭过此事，或者将此事的处置大打折扣。
三法司的堂官见天启执意要处死李如桢，也不好再劝，接下来便都改了题本，上奏将李如桢处以凌迟之刑，诛灭九族。
但就在天启重新收到三法司的题本时，内阁首辅韩爌却送来了一道急递，道：“陛下！祖大寿等辽地将领联名来本，为李如桢求情，言请勿处以李如桢死罪，并表示若李如桢被处死，恐会有辽人士兵哗变，而使边镇不稳！而不得不奏请陛下开恩。”