他们不仅限制华人海商活动的范围，抢劫在海上航行的中国商船，更为野蛮残暴的是，他们经常挑起事端，制造一系列大规模屠杀华商的血腥暴行，以达到消灭及驱逐华商的目的。

1603年10月，臭名昭著的“大仑山惨案”暴发，当地言：“凡遇华人，格杀勿论。”“杀死一切遇到的华人”。

前后杀死华人两万三千人，事后马尼拉地区，仅余华人四百五十七人。

惨案事件后，西方殖民者曾害怕明廷的报复，还写了封解释信给明廷，但他们并没有等来明朝报复的兵马，却是等到了明廷发了《谕吕宋檄》：

“议照吕宋通商一节，原因漳、泉演海居民鲜有可耕之地，航海商、渔乃其生业;往往多至越贩诸番，以窥厚利。一行严禁，辄便勾倭内讧;嘉靖季年，地方曾受蹂躏之惨。维畤当事议以吕宋素不为中国患者，题奉钦依许贩东、西二洋;华夷相安，亦有年矣......“

檄文中没有对当局的屠杀行为进行追究，并且，说明：只要西班牙殖民者保证这些华侨往之后的生命财产安全，还宣布对当局“不忍加诛”。

另外，檄文中还说：西班牙当局应该时刻想着大明皇帝的浩荡之恩，以及大明的仁义。

完全没有丝毫谴责其行为的内容。

明朝的不作为以及纵容，使得西班牙殖民者对当地华侨的欺压更加猖狂，于是第二次大屠杀很快来临。

1639年，在菲律宾“涧内”有华商一万多人，全岛总数达二万五千至三万人。西班牙人对华商实行残酷的剥削和蹂躏，不仅征收苛重的税收，还强迫华商服繁重的劳役，许多华商被活活折磨死。

当地中国商人实在忍无可忍，奋起反抗，西班人立即调集大军加以围剿，再次用大炮将“涧内”轰平，使昔日繁荣的“涧内”顷刻化为灰烬。

接着在菲律宾全境进行第二次惨案，有的把华商骗到一个大院内进行集体枪杀