原本有两个分司，胶莱和滨乐分司。

到天启年代，大明帝国内忧外患，军需大增，山东又添加了登文分司。

明初都是当地机构在管理当地的盐务，只到英宗之后，盐法日坏，朝庭开始派侍朗、都御史等高级官员去各地监管、整顿盐务，他们被称为巡盐部院。

但盐业利润丰厚，产、销环节都控制在一个机构手中，很快全国盐务越来越腐败。

巡盐御史下去也没用，照样被收买，如万历年间的两淮巡盐御史徐缙芳，一年时间贪墨达44000多两。

自天启后，朝庭巡盐部院集中在两淮、两浙地区，因为这些地方盐课占明延盐利收入大部份，有的地方，甚至一二十年不派巡盐御史，比如山东这边，巡盐御史也来的极少。