城外太平军即使付出惨重损失，也仍然攻不破湘军防线。安庆城内得不到接济，粮食完全断绝，陈玉成又在菱湖北岸筑垒，试图用小船运粮食进城。曾国荃毫不相让，他派曾国葆在湖岸边筑垒，联手水师进行堵截，于是太平军用小船运粮的办法刚露了个脑袋，就被完全扼杀了。

这时湘军打攻坚战的基本套路是，以自创的“长围久困”为主，辅之以太平军的穴地攻城法。曾国荃在围城的同时，早已命令士卒开挖地道，穴地埋雷。1861年9月5日，安庆城垣北门被轰塌，湘军一拥而入。

因为断粮，安庆城内已出现了人吃人的骇人景象，据说人肉每斤可卖到八十文，守军形近饿殍，虽拼死抵抗，但已无济于事。叶芸来、吴定彩以下一万六千人被斩杀殆尽，其余凫水逃亡者亦多死于湖中。

城外集贤关的太平军各路援兵列队于山岗，眼睁睁地看着这一幕发生，可是却无能为力，陈玉成更是望城恸哭：“安庆已经失陷，我也不知道哪天要死于敌人之手了！”

陈玉成非常清楚，皖北是他的根据地，安庆是他资以保卫皖北乃至天京的屏障，安庆一失，则太平军在皖省的势力已经动摇，今后将很难有立足之地，覆亡只是早晚的事了。

这当然不仅仅是陈玉成个人的悲剧，安庆失陷意味着太平军的第二次西征完全失败，而以全国之力救援安庆，仍不能免于其失守，也说明双方力量对比已发生重大转折，太平天国大势已去。亲自参与后期救援的干王洪仁玕事后承认：“我军最重大的损失，乃是安庆落在清军之手……安庆一日无恙，则天京一日无险。”

就在湘军攻陷安庆的前一天，曾国藩看到了两个月前钦天监的一份奏折。在奏折上，钦天监报告说八月初一（阳历9月5日）将有异常天象，届时日、月及金、木、水、火、土诸星会“日月合璧，五星连珠”。这是与“荧惑星犯南斗”“蚩尤旗”之类完全不