被委任为宪兵司令部参谋长。就是在这里，萧山令开始了他的宪兵军官生涯。

1929年萧山令到南京来，在南京呆了八年，官阶逐步上升，从中校、上校、到1937年升为少将，这一路走来萧山令算得上是顺风顺水。

淞沪会战之后上海沦陷，日军分三路犹如潮水一般涌向南京，对三面环山、前靠长江的南京城形成战略包围，南京告急。

12月7日凌晨，蒋委员长夫妇乘坐飞机离开南京。一天后，时任宪兵司令兼南京警备司令和防空司令的谷正伦，因病已到武汉就医，无法指挥这场战役。作为副手的萧山令临危受命，代理宪兵司令、南京警备司令和防空司令“三司令”之职。

之后，南京市市长马俊超临危脱城。老蒋又想到了萧山令，将首都卫戌司令长官和南京市市长两份重任交给了萧山令，另外，他还兼任首都警察厅长和渡江司令。

危城之内，萧山令一身七职，指挥着11万中国军人，抱赴死为国之心，守卫南京。

此时的南京，孤立无援，已是孤城，重兵压境，危在旦夕。

南京保卫战正式打响后，日军兵临城下时，萧山令奉命守城，成为拱卫南京的实际负责人。此时，侵华日军进攻南京，有七个师团，十二万兵力，加之飞机、军舰，南京已在日军的立体包围之中。而南京守军只有萧山令直属精锐宪兵1万人，以及两个直属陆军师和工兵部队约3万人，连同临时划归指挥的卫戍部所属正规军，共11万人。

南京保卫战后期，守军已经败像已露，不少人次劝萧山令离开南京，但是遭到了他严词拒绝，萧山令对劝他的人说：“守土卫国是军人的神圣职责，我应尽忠报国，笑卧沙场。死守南京，我意早决！”

其凛然正气，令人为之震憾。

在日军下达总攻击令后，两百架战斗机升临中华门上空，另外还有90多门大炮日夜轰炸