沈的行为，在大臣之中惹起了极大的反感。方从哲不过庸暗不知大体，屈服于来自宫内的压力之下，到底也还不敢彰明较著地阻挠大计、勾结内监，此所以移宫一案，正人君子得以放手做去，但就这样，已为言官攻击得体无完肤。然则相形之下，沈的甘为巨珰鹰犬，并且还有交通外戚驸马都尉王昺的情事，而所倡议者则又为足以引起大祸的“开内操”，凡此毫无心肝的恶行，自比方从哲更不可恕。

因此，刑部尚书借阉党徐大化弹劾给事中周朝端、惠世扬一事发牢骚说：

大化诚为朝廷击贼，则大臣中有交结权珰、诛锄正士如宋蔡京者，何不登弹文而与正人日寻水火？

这里的“大臣”就是指沈。阉党为沈张目，以王纪所劾“大臣无立名，请令指实”，于是王纪正面开火，直攻沈，说他与蔡京“虽生不同时，而事实相类”，把沈“结纳魏忠贤”比作蔡京的“契合童贯”，把“逐顾命元臣刘一燝、周嘉谟”比作蔡京排挤吕大防、苏轼。又说：

至于贿交妇寺，窃弄威权，中旨频传而上不悟，朝柄阴握而下不知，此又京迷国罔上，百世合符者。

这一段话中的“贿交妇寺”，当然是指客、魏而言，因此他们为“泣诉于帝前”，熹宗认为王纪太啰唆，申斥了一顿。

另一方面，沈不择手段报复，利用兵部尚书张鹤鸣在论辽东兵败一案中恶熊袒王的机会——辽东经略熊廷弼、巡抚王化贞，熊有胆略而王好大言。张鹤鸣与熊廷弼意见不合，所以唆使王化贞不受经略节制，以致经抚不和而有广宁之失，其时方在议罪。此为明亡清兴的一大关目，亦为当时使门户之争深刻化的一大公案——挑起冤狱，将王纪牵涉在内，因而“削籍为民”。朝野对沈越发侧目，他的内心很不安，极力求去，于是跟刘一燝一样，“命乘传归”——这一个结果，是辅臣叶向高和朱国祚力争得来的。