关于“盖衍补过”的办法，遗诏中有明确的指示，分条注释如下：

一、“内阁辅臣，亟为简任。”按：自永乐年起，大学士大致为四人，资望最深的为“首辅”。自万历四十三年起，只有方从哲、吴道南两人，吴道南丁忧，只剩下方从哲。神宗不补辅臣，没有别的原因，只是一个“懒”字。

二、“卿贰大僚，尽行推补。两咨考选，并散馆科道官，俱令授职。”按：卿者部院大臣，贰者副手，侍郎等官俱皆为“堂官”。科为六科给事中，道者各道御史。六科给事中及各道御史都为言官，在清朝的区分较微；而在明朝，两者的职权区分得很清楚：各道御史巡按地方，兼有行政官的性质，而各科给事中掌封驳，纯为纠正政令的言官。就此一方面而言，自军机处成为制度后，清朝的给事中权力远不如明朝的给事中。“万历末年，怠荒日甚，官缺多不补。旧制，给事中五十余员，御史百余员。至是六科（吏、户、礼、兵、刑、工）只四人，而五科印无所属（每科的首席称为‘掌印’，印无所属，是说没有‘掌印给事中’以为主持），十三道只五人（御史以十三行省区分，称为十三道，计为浙江、江西、河南、山东、福建、广东、广西、四川、贵州、陕西、湖广、山西、云南等十三省，河北为北直隶，江南为南直隶，不专设而由各道分管，都察院衙门归河南道御史监察，在十三道中格外突出），六部堂官仅四五人，都御史数年空署。”此见《廿二史札记》所述，可以想见当时政务的废弛。

三、“建言废弃及矿税诖误诸臣，酌量起用。”按：自矿税兴，凡有所奏谏或被认为办理不力的地方官，大多获罪，废为庶民。历任辅臣，多有请起复的奏谏，十九置之不理，此亦为言官所以缺额的主因之一。

四、“一切榷税并新增织造、烧造，悉停止。”（按：“织造”的名目为清朝所沿用，“烧造”原驻江西景德镇等处，在明朝即废止。）