发了清圣祖重真理、辨是非的科学精神，影响其人格的形成，关系极大。圣祖之能成为一个杰出的统治者，平三藩、兴文教、重民瘼、察官吏，凡理之所在，笃信力行而不疑，实为其自我训练而具有的科学精神所使然。《清史稿》二百七十三卷附论：

“历算之术，愈入则愈深，愈进则愈密。汤若望、南怀仁所述作，与杨光先所攻讦，浅深疏密，今人人能言之。其在当日嫉忌远人，牵涉宗教，引绳批根，诚一时得失之林也。圣祖尝言：‘当历法争议未已，己所未学不能定是非。乃发愤研讨，卒能深造密微，穷极其阃奥。’为天下主，虚己励学如是，呜呼，圣矣！”此亦非溢美之词。

历法之争，新派在学理上既已获胜，政治上的冤狱，当然亦能获得平反。议政王等先议：“请将光先夺官，交刑部议罪。上命光先但夺官，免其罪。”

就在这时候，十六岁的康熙，做了一件出人意料而确可令人佩服的大事，《清史稿-圣祖本纪》康熙八年记：

“五月……戊申诏逮辅臣鳖拜，交廷鞫。上久悉鳖拜专横乱政，特虑其多力难制。乃选侍卫，拜唐阿年少有力者，为扑击之戏。是日，鳖拜入见，即命侍卫等掊而系之。于是有善扑营之制，以匠臣领之。庚申，王大臣议鳖拜狱上，列陈大罪三十，请族诛。”

“拜唐阿”是满洲话，亦为侍卫之一种，扈从时职司前驱。康熙制鳖拜，处心积虑而声色不动，参与机密者只极少数的心腹侍从，颇疑曹雪芹的祖父曹寅亦为其中之一。曹寅以后深得恩眷，盖非无故。康熙自诛鳖拜，始得独揽大权，宫廷中新旧两派之争，至此局面大定。于是南怀仁上疏，为师讼冤。《杨光先传》：

“南怀仁等复呈告光先依附鳖拜，将历代所用洪范五行，称为《灭蛮经》，致李祖白等无故被戮。援引吴明诬告汤若望谋叛。下议政王等议：坐光先斩。上以光先老，贷其死，遣回籍，道卒。刑部议，