余著用力甚勤，何以独于此节疏忽？当是为《清史稿》所误。《清史稿-方以智传》“其闭关高坐时也”云云，已见前引。而此传实采自马其昶《桐城耆旧传》，原文为“先生闭关高座寺也”，落一“寺”字，遂大有出入。因为“高坐”，或作“高座”原为禅门用语之一，讲经说法，例必高坐，虽落一“寺”字，文义依旧可通，因而余君偶然放过。

侯方域所说的“高坐寺”应为“高座寺”。以《送何子归金陵序》证之，此寺确在金陵。但查《嘉庆一统志》、《清凉山志》，以及《实用佛学辞典》，均无此寺。但《高僧传》有慧进者，驻锡“京师高座寺”，卒于齐武帝永明三年，年八十五。此京师即金陵，原来高座寺乃“南朝四百八十寺”之一。六朝古刹，至清犹存，应该亦是有名的丛林，熟于僧史者，必能述其涯略。但可决其必非天界寺，因为天界寺建于明洪武中，非六朝之遗。

方以智晚年逃禅，虽示不仕清的决心，亦以俗缘未断，只觉君亲两不可负。至于对恢复明室，经过弘光、永历两个年号，实已灰心。因此，康熙十年被逮，说是“密之罪状，必属谋反”之类，亦颇有商榷的余地。

方以智晚年定居江西吉州青原山净居寺，死于康熙十年，历来皆不知其死因。邓石如辑《清诗记事初编》，叙方以智次子中通生平，兼及其父云：

“以智晚年住持庐陵县河南十里青原山，康熙十年辛亥，以事被累入粤，卒于道中……今读此集陪诗卷四为《惶恐集》，纪其事甚详。‘惶恐’者，以智卒于万安舟中，即文山集之惶恐滩也。中通亦在桐城就逮，事历二年，经皖、赣、粤三省，赖周亮工营救得白，又以他事坐系获释。究为何事，一字未及。”