护卫驱逐舰队司令阿部上校，奉令送飞龙”上天”，发出两枚鱼雷。

清晨5时许，阿部向山本复命，飞龙已开始下沉；可是主力舰队凤翔号轻航空母舰的侦察机，却在上午8点多钟，还发现飞龙号起火在烧；而且甲板上人影幢幢。于是山本转告南云，派舰救人，却始终不曾再发现飞龙号，后来才知道，飞龙号甲板下还有许多人，只为出入口被封住了，逃不出了。阿部所发的鱼雷，恰好为他们打开了一个缺口；不过逃出来的官兵，都为美国军舰救走了。

到此地步，一向以冷静准确的判断力自豪的山本五十六大将，内心的焦灼，匪言可喻；但他还存着一种最后的希望，打算将正在北面靠近阿拉斯加的阿留申群岛，准备作战的，龙骧、隼鹰两艘航空母舰调回来；又命散布海上各地的船舰，向中途岛集中，预期着美国海军向西迎敌时，便可展开训练有素的夜间海战，一举歼灭美国海军十六、十七两机动部队。

这两个部队，此时由史皮尔安斯少将统一指挥；他颇有自知之明，美国海军尚无夜间作战训练，黑夜出动飞机亦颇困难，决非日本的敌手，所以早就退往东方，只在中途岛加强戒备。

对方不来上当，山本五十六就不能不赶紧向后转；否则一到天亮，美国飞机，大举来袭，岂非自速其死；但在撤退之际，仍不忘诱敌深入，最理想是美舰追敌到达威克岛的”威力圈”内，由岛上出动飞机轰炸。结果这个理想亦成了妄想。山本五十六只好带着他的并未出击，只自己撞沉了一艘重巡洋舰三隈号的主力部队，回返濑户内海。

对于此役大败而归，日本国内并不知道；甚至昭和天皇亦不了解真相。因为山本将消息封锁得很严密；他所发布的战报，关于航空母舰部分，只说一艘丧失，一艘重创；在处置赤城号、飞龙号的残骸时，附近并未发现敌踪，认为美军还不知道这两艘航空母舰的最后命运，因而表示赤城、飞龙仍在服役之中。