营兵逐步取代卫军成为战时主要的军事力量。之后，作为明朝基本军事力量的卫所军逐渐发生了变化，军队管理体制和编训体制也发生了很大的变化。

卫所内部的土地、人口、管理与职能，渐渐脱离了“军区”范畴，事实上和一般行政区的性质越来越接近，可区划内的百姓却依旧受到卫所军官人身依附的捆绑束缚，给将门世家、边军军官们侵吞屯田、奴役军户大开方便之门。

大顺军进入关中以后，经过短暂的动荡，迅速控制住了西北局势。罗汝才又获得李自成的高度信赖，得以以南阳公、西北经略使、陕西节度使的卓绝地位，重新清查土地，开始收回被西北将门侵吞的明朝卫所田地，这是导致董学礼部下许多人坚持和大顺军为敌的主要因素。

罗汝才对明朝原来的卫所区划，已经做了大刀阔斧的裁撤和调整。屯卫之兵，屡经裁汰，卫所亦多归并于州县。与此同时，卫官大量裁汰，屯丁改为民籍，屯田按民地起科。

除了少数边区卫所仍旧保留外，其余卫所都正在朝着被完全转变为州县一级行政单位的方向进行调整。

大顺军逐步废弃原本独立于省府州县之外的卫所体系，变更旧制、废卫改县的同时，还将大批卫所世袭军职停袭，这自然严重触犯到卫所军官的利益，势必引起强烈的反弹。

而且因为明朝卫所设置的不合理处，在军户聚居屯地连片的地区，大顺是废卫所而设立新的州县。可更多情况却是明朝卫所的设置本来就和州县错杂相间，田地人户也都散寄于各州各县境内，行政区划你中有我、我中有你，飞地连绵，为统一的行政管理造成巨大难度，也使得军官们得以方便侵吞田地。

对于后一种情况，大顺军采取了将散居各州县的卫所军户田地，全部直接划入所在州县，使得行政区划高度统一起来的办法。

在这个过程中又不免需要重新清查土地，和那些非法侵占