自成败给阿济格，不得不撤出西安后，巩焴与李自成分手，独自留下在陕西与清军打游击。在其后的十五年里，巩焴自学成才，成为了游击战专家，在邓名的前世他坚持抵抗到顺治十八年，比永历政权和李定国还多坚持了三年，最后被甘陕绿营团团包围。此时已经六十八岁的巩焴依旧能够骑马、射箭，虽然不是李来亨、袁宗第、刘体纯这种闯营的嫡系，但巩焴同样不肯投降，坚决抵抗，最后被清军放火烧死在山中。

而在这个时空，因为邓名的影响，使得吴三桂手下的陕西兵迟迟不能返回西北，后来更因为邓名不断的打击，让陕西绿营不得不继续向四川增派部队而没有余力围剿巩焴。结果巩焴不但没有兵败身死，反倒让他找到机会离开游击区，跑去夔东找到了马腾云。

（笔者按：说两句个人看法，李岩这个人是虚构的，笔者有种感觉，那就是巩焴很像是李岩的原型，才兼文武，很得李自成的器重，而且出身士大夫阶层却与明廷决裂；甚至就连李自成兵败后对李岩这个虚构人物的猜忌情节，也能在李自成和巩焴的身上找到影子：在李自成退回陕西的时候，身为礼政斧尚书的巩焴制造龙袍，负责筹备李自成的祭祖礼仪，而在披上巩焴督造的袍子后，李自成突然感到遍体生寒，一时间手足僵硬，好久以后才恢复过来。事后李自成检查巩焴给他的龙袍，看到上面有山纹，就怒斥巩焴是使用巫蛊之术，想移两座山压自己的肩膀来诅咒自己，几乎当场杀了巩焴，经过刘体纯等人苦劝得解——当时李自成屡战屡败，袁宗第的战略预备队都从湖广调回北方，依旧无法击退阿济格，心情大概是非常之糟。笔者又按：惠世扬这四朝元老、三国元勋的奇葩，在这个时候差不多该百岁了，笔者就是让这个东林党棍露下脸不埋没了他的风采，很快就会给他配发盒饭。）

“皇上（闯王）离开陕西后，我一直联络豪杰，盼着皇上早曰打回陕西去。”想起李自成的突然亡故，巩焴