EVA三号机……第九使徒被消灭之后，第三新东京市里的居民们又迅速地恢复了正常的生活，这种令人难以置信的粗神经简直会让人觉得，哪怕是在生化末世之中，这这个城市里的居民所变成的丧尸们依然会像生前一样该怎么生活还怎么生活。

不过有那么一小撮因为“拯救世界”这个伟大的理由而从五湖四海来到这座城市的人，他们的生活轨迹在这场战斗之后却发生了极大的变化。

本来应该在暑假刚开始的一周里参加补习的明曰香在那一天之后就再也没有去学校了，但她并不是为了偷懒出去玩耍，不再去学校的明曰香反而成天都来到NERV基地里进行训练，而且比过去更加认真刻苦了。

本来天天都会和几个美少女们一起回家、一起买菜、一起吃饭的楚轩在那一天之后好像一下子就忙了起来，经常一天到晚都呆在研究室里，也开始出现了整夜整夜不回家的现象。

本来打算暑假里好好地和新朋友们联络联络感情的真希波在那一天之后根本没有“因私外出”过，她除了有时和面无表情的明曰香、面无表情的绫波丽、更加面无表情的楚轩一起到基地里去训练，就一直沉迷在虚拟现实的世界里——而且是《超级机器人大战》之外的游戏。

本来一直跟在黑猫身边的绫波丽在那一天之后再次变成了孤单一人，她承担起了原本黑猫一直在做的事情，利用黑猫传授给她的“独门秘籍”挑选美味的蔬菜、制作可口的料理，明曰香、真希波和楚轩的一曰三餐都是由她在照料——也许只有她的生活还和过去一样。

而在那一天之后，本来已经成为战斗主力的碇真嗣真的不肯再驾驶初号机了，而且他还拒绝再参加训练，可是碇源堂司令那边却始终没有任何反应。

不过碇真嗣很快就知道为什么父亲敢对他说“无所谓了”，因为——

大概是因为听说了三号机在启动实验时又发