以海制陆的设想很早便有，朱永兴也一直在做着准备。或是拉拢，或是联合，或是购买，再逐步打击敌人、壮大自己，在分别歼灭了广东、福建的清军水师后，趁着郑家内乱的时机，水师的实力终于可以把计划变成现实了。

三支舰队分别在福建、浙江、长江展开，或袭扰，或直捣，有效地牵制住了东南各地清军的力量，使得清廷增兵福建，抵抗明军的意图大半落空。

杨彦迪所率舰队以舟山为基地，不待休整便杀入杭州湾，一战击溃了清军杭州水师，佯攻杭州；随后又趁夜撤走，凌晨突然在金山登陆，攻破县城，劫掠官库后带着上千自愿跟随的义民乡勇及家眷扬帆而去；第三天，在舟山安置完民众后，舰队又出现在象山湾，登陆攻破宁海县，又是象金山一般的如法炮制。

明军水师倏忽来去、攻掠如风的打法使浙江沿海处处告急，迁界筑起的土木长垒不堪一击，负责守卫的清军既分散且无战斗力，哪里能抵挡三千装备精良的陆战队。而沿海的空白地带又给明军登陆带来了隐蔽性，往往是兵至土垒才为清兵所发觉，多数清兵仓促间点燃狼烟便逃之夭夭，根本不敢与明军接战。

而明军攻破长垒后，只需稍加宣传，便有饱受苦难的百姓蜂拥而出，至海边登船而走。舟山很快便有了五六千百姓，筑城建屋，基地更加巩固。

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陈上川所率的长江水师继续沿江而上，接连击败福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生的沿江汛兵共两千余，进抵瓜洲。

张名振、张煌言的几次入江作战，使清廷也意识到了长江防务的脆弱。亡羊补牢，清廷派固山额真石廷柱为镇海将军，领八旗兵驻防镇江京口；又重新设立江南福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生等各营沿江汛兵，并且把储藏在江宁库中的红衣大炮移至京口。

但在顺治十六年。郑成功率千艘战船再入长江，将清